BIOINFORMATICS EXERCISE

Michael D. Kane, PhD

RELEVANT LINKS:

PRESENTATION

Human Chromosome File (42,000 nucleotides)

 

National Center for Biotechnology Information:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

 

European Bioinformatics Institute (ClustalW):

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

 

SEQUENCES

 

 


 

 

 

DNA

1.Mammoth DNA (Gene 1)


 ATGTTCTTGATTAATGTCCTAACAGTAACCTTGCCTATCCTTCTAGCAGTAGCCTTCCTCACCTTAGTTG
AACGAAAGGCCTTAGGCTACATACAACTTCGTAAAGGCCCCAATGTAGTAGGACCCTACGGTCTTCTTCA
ACCTATCGCAGATGCAATCAAGCTATTTACCAAAGAACCCGTCTATCCACAAACCTCCTCAAAATTCCTA
TTTACCGTTGCCCCAATTCTAGCCCTAACCTTAGCCCTAACTGTATGAGCTCCTCTTCCAATACCATATC
CCCTAATTAACTTAAATCTAAGCCTATTATTTATTCTCGCAATATCAAGTCTGATAGTTTACTCCATCCT
ATGATCAGGCTGAGCATCAAATTCAAAATACGCCCTCATAGGAGCCCTACGAGCAGTAGCCCAAACCATC
TCCTATGAAGTCTCTATAACAACTATTATCTTATCAATAGTACTAATAAATGGGTCCTTTACACTAACCG
CCTTCGCTACAACACAAGAACATCTATGACTAATCTTTCCTATATGACCCCTAATAATAATATGATTTAC
ATCAACTTTAGCAGAAACTAACCGAGCTCCATTTGATTTAACCGAAGGAGAATCAGAACTAGTTTCCGGC
TTCAACGTCGAATATTCAGCTGGCCCTTTCGCCCTATTTTTTATAGCCGAATACGCTAACATTATCATAA
TAAATGCCCTTACTGTAATTCTATTTATAGGAACCTCCTGTAACCCCCAAATACCAGAAATTAGCACCAT
CAACTTTGTCGTAAAAACTATCATCTTAACTATCTGCTTTTTATGAGTACGAGCATCTTACCCACGATTC
CGATACGACCAACTAATATATCTCCTCTGAAAAAATTTTCTTCCACTAACTCTAGCCCTATGCATGTGAC
ACATCTCAATCTTGATTTCACTAGCATGCATCCCACCACAAGCATAG

 

2. Mammoth DNA (Gene 2)


 ATGTTTGCTAACCGCTGACTATATTCAACAAACCACAAAGACATTGGGACACTGTATCTATTATTTGGTG
CTTGAGCTGGTATAGTAGGGACTGCTTTTAGTATCCTAATTCGGGCAGAACTAGGTCAACCAGGCTCTCT
TCTTGGAGACGACCAAATCTATAATGTTATTGTCACAGCACACGCCTTTGTAATAATCTTCTTTATAGTT
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TTCCTCGAATAAACAATATGAGTTTTTGACTACTACCTCCATCTTTCCTACTACTCTTGGCATCTTCCAT
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GCTTCTGTAGATTTAACTATTTTTTCACTTCACCTTGCAGGAGTATCCTCTATTTTAAGTGCAATTAATT
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GGCTTCCTAGGGTTCATTGTATGAGCCCACCATATATTCACTGTAGGCATAGACGTCGACACTCGAGCCT
ACTTTACATCCGCTACTATAATTATTGCTATTCCAACTGGCGTAAAAGTCTTTAGTTGACTAGCTACCCT
TCATGGCGGTAATATTAAATGATCCCCCGCTATAATATGAGCCCTAGGATTTATCTTCTTATTTACAATT
GGAGGGTTAACTGGCATTGTTCTTGCCAATTCTTCACTAGACATTGTCCTACATGATACCTACTACGTTG
TAGCTCACTTTCACTACGTCCTATCTATAGGTGCAGTTTTCGCCATTATGGGTGGGTTTATCCACTGGTT
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CAGATGCCTACACTGCATGAAATACTGCTTCTTCTATAGGCTCATTTATCTCTTTAGTAGCCGTAATTCT
AATGGTCTTCATAATTTGAGAGGCATTTGCTTCTAAGCGCGAAGTTTCTATGATAGAACTCACAACAACA
AACGTAGAATGACTCAACGGATGTCCACCTCCACATCATACATTCGAAGAACCAGCCTACGTAAAATCTA
ACTCGAGA
 

3. Mammoth DNA (Gene 3)


 ATGGAACGAATAGATATCATTATCTGATTACTAGCAGTCGTAATTGTTCTTACGACACTAATAATCTTCC
TTCATCTTAAAACCCTAAAGATTATTCGCCTTCTTTTCCCAGTTTCTAAAGAACTATCCAAAAAGTCATG
TGTTTTCCCTTGAAAGAAGAAGTGAACGAAGAACTATCCGCCTTCTTCGATGTACCCGTAG